电影: Edited from tv series

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身为黑衣组织一员的科学家宫野志保(代号雪莉)，开发出了神秘的毒药APTX4869。那就是让工藤新一变小的药！但是，黑衣组织杀了她的姊姊明美，因此雪莉决定背叛组织，自己也吞下了APTX4869。服药后身体缩小的她，化名为灰原哀，隐藏起真实身分。虽然只有一点点，但黑衣组织确实在她的心里蒙上了一层阴影。 糟糕的是，她再次与黑衣组织的干部‧琴酒打照面，面临性命危急的「与黑衣组织的再会」；在碰上巴士挟持事件的车上，感受到组织成员气息，有着赴死决心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪华列车内，被逼到惊险...

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地球联邦和奥布联邦舰队集结在地中海，发起了对明娜瓦号的第二次攻击，这一次连天使号的干预都无法阻止战斗的爆发。当信释放出对奥布舰队的愤怒时，基拉和阿斯朗在战斗中再次对决，其中一位终究倒下，成为战斗的牺牲者。回到PLANT的家园，杜兰达尔主席回顾过去，思考着他未来的计划……这些计划将需要除去像拉克丝和天使号船员这样的干扰元素。战斗的余波中，信做出了一个命运般的决定。曾经承诺保护的敌方飞行员斯特拉，如今被囚禁在明娜瓦号上。斯特拉的身体状况急剧恶化，信将不得不背叛他所信仰的一切，才能拯救她的生命。...

　　在医院工作的山际辰雄（染谷将太 饰）和悦子（夏帆 饰）是一对恩爱的小夫妻。近一段时间，辰雄时常望着窗外发愣，令妻子分外不安。与此同时，悦子所在的工厂同事浅川美雪（岸井雪乃 饰）出现异样，她声称总在家中看到男性幽灵，但那却是她在世的亲生父亲。悦子将美雪送到丈夫的医院检查，结果发现美雪完全丧失了“家人”的概念。在医院时，悦子还遇到了辰雄的好友真壁医生（东出昌大 饰），而对方给她留下了十分不好的感受。渐渐她发现，辰雄与真壁之间似乎有着某种联系，两人更秘密在进行着什么。 　　周围的世界变得越来越古...

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深田晃司导演的初连多。脚踏两条船的“渣男”遇上谎言不断，麻烦制造机的”渣女“，关注在男权社会的欲望中被消费的女性像。...

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密涅瓦号停靠在ZAFT基地，杜兰达尔议长在那里迎接他们。在一次安静的晚餐中，他与阿斯兰、真和其他船员进行了交谈。这次谈话让真回想起过去，以及导致他们现在处境的种种事件。但理解并不能带来平静，在与几位船员再次发生争执后，真独自上岸散心。在那里，他遇见了一位美丽的女孩，并目睹她坠入海中。他跳入海中救她，结果自己也需要被救援。与此同时，联合军和他们的奥布盟友集结，准备对ZAFT发动攻击。密涅瓦号紧急出动，准备迎战。但双方都不知道的是，在海面之下，另一个组织正准备终止这场战斗。...

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